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我院创立于1956年3月，当时名称为湖南细菌肥料厂；1964年1月更名为湖南微生物实验工场；1966年4月更名为长沙市微生物研究所；1973年7月更名为湖南省微生物研究所，划归省管，隶属湖南省农林局领导，为正处级公益性事业单位；2013年5月，经湖南省机构编制委员会同意（湘编办函［2013］69号），更名为湖南省微生物研究院。
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