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我院创立于1956年3月,当时名称为湖南细菌肥料厂;1964年1月更名为湖南微生物实验工场;1966年4月更名为长沙市微生物研究所;1973年7月更名为湖南省微生物研究所,划归省管,隶属湖南省农林局领导,为正处级公益性事业单位;2013年5月,经湖南省机构编制委员会同意(湘编办函[2013]69号),更名为湖南省微生物研究院。
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